Faktem jest, że jako kompromis sił politycznych zainteresowanych stworzeniem stabilnych fundamentów ustrojowych demokratycznego i praworządnego państwa konstytucja powstawała w bardzo trudnych warunkach.
Sprzeciw Kościoła katolickiego oraz narodowo-wyznaniowych partii i organizacji dotyczył nie tylko braku Invocatio Dei i aksjologii wywiedzionej wprost z nauki Kościoła lecz także treści poszczególnych propozycji rozwiązań konstytucyjnych.
1. Przede wszystkim w obowiązującej konstytucji zwraca uwagę obszerność tematyki religijnej nie spotykana w konstytucjach innych państw europejskich i poza europejskich. Zadeklarowana w preambule wspólnota pamięci i kultury zakorzenionej w chrześcijańskim dziedzictwie i ogólnoludzkich wartościach w zestawieniu z podziałem społeczeństwa na wierzących i niewierzących, również nie jest spotykana na gruncie innych rozwiązań konstytucyjnych.
Określenia przez autorów projektu konstytucji atrybutów boskich w postaci: prawdy, sprawiedliwości, dobra i piękna podzielanych przez wierzących i niewierzących stwarza wyraźny przechył w stronę konfesyjnego źródła wartości konstytucyjnych. Problematyczne jest umocowanie teologiczne twórców konstytucji do określania kim czy czym jest Bóg – jak słusznie zauważał w trakcie dyskusji nad projektem prof. Michał Pietrzak , ale również problematyczne jest deklarowanie jako wspólnych wartości takich które wypełniane są niejednolicie pojmowaną treścią stanowią źródła konfliktów.
Podzielenie społeczeństwa pod względem światopoglądowym na wierzącą i niekonfesyjną część stanowiło otwarcie możliwości zróżnicowania praw obu tych grup w zależności od praktyki politycznej rządzących. Tak to już jest że w wypadku normatywnego rozróżnienia i nazwania jakiegoś zjawiska czy grupy społecznej to zróżnicowanie wypełnia się treścią często niezamierzona przez ustawodawcę.
2. Kształt regulacji konstytucyjnej kwestii religijnych w przeważającej części ma wymiar instytucjonalny i dotyczy relacji pomiędzy państwem, a kościołem natomiast wymiar indywidualny wynikający z pierwotnej zasady wolości myśli, sumienia i wyznania uwzględniony jest w mniejszym stopniu. Zasada kolektywnych wolności religijnych jako zasada wtórna powinna wynikać z wolności pierwotnej i kształtować ją stosownie szeroko zgodnie z treścią nadawaną przez regulacje międzynarodowe tj. np. Europejską Konwencje Praw Człowieka. Tymczasem w Konstytucji RP relacje kościołów i związków wyznaniowych z władzą zostały unormowane w przepisie art.25 umieszczonego w Rozdziale I zatytułowanym Rzeczpospolita i poświęconym państwu i jego instytucjom z czego niektórzy teoretycy prawa wyznaniowego wyprowadzają słuszny pogląd, że w ten sposób kościołom i związkom wyznaniowym nadano atrybut instytucji państwowych odrywając się od ich wspólnotowego i metafizycznego charakteru. Jednocześnie pierwotną zasadę wolności myśli, sumienia i wyznania okrojono w przepisie art.53 ust.1 do wolności sumienia i wyznania, a w ust. 2 sprowadzono do wolności wyznawania i przyjmowania religii według własnego wyboru oraz jej uprawiania i uzewnętrzniania. Dalsze przepisy tego artykułu poświęcone są zresztą zapewnieniu praw do wychowania religijnego dzieci, nauczania religii i gwarancjom jej uzewnętrzniania z niewielka koncesją na rzecz zapobieżenia zmuszaniu do uczestniczenia bądź nieuczestniczenia w praktykach religijnych jak też ujawniania swojego światopoglądu, przekonań religijnych lub wyznania. W ten sposób niekonfesyjna część społeczeństwa teoretycznie została obdarzona wolnością nieujawniania swojego sceptycyzmu wobec wiary i możliwością odmowy uczestniczenia w praktykach religijnych.
3. Art. 25 konstytucji w przepisie ust. 1 ustanawia dyrektywę polityki wyznaniowej organów władz publicznych ujętą w zasadę równouprawnienia związków wyznaniowych , a ust. 2 formułuje postulat bezstronności czy raczej neutralności światopoglądowej państwa jeżeli bezstronność rozumiemy jako synonim neutralności. Nie jest to neutralność bezwzględna i bynajmniej nie dotyczy neutralności aksjologicznej prawa lecz jedynie sposobu traktowania różnorodnych postaw i przekonań przez władzę publiczną przy zapewnieniu swobody ich wyrażania.
Istota tego przepisu sprowadza się zresztą do zagwarantowania możliwości uzewnętrzniania przekonań religijnych, obecności i eksponowania symboli religijnych w przestrzeni publicznej co bywa odbierane przez niekonfesyjną czy szerzej niekatolicką część społeczeństwa jako forma przemocy symbolicznej, opresji. Brak jest oczywiście postanowienia o oddzieleniu kościoła od państwa bo i koncepcja współpracy zakłada mniej lub bardziej ścisły związek..
4. Co do zawartej w ustępie 3 art.25 zasady autonomii i niezależności państwa i kościołów trzeba zauważyć, że literalne brzmienie tego przepisu jest mylące i bynajmniej nie świadczy o immunitecie osób duchownych wobec prawa państwowego, który miałby wynikać z niezależności i autonomii związków wyznaniowych. Wg. prof. M. Pietrzaka ujęcie tego postanowienia oznacza w istocie że to państwo pozwala by kościoły przyznawałyby państwu niezależność od siebie co degraduje państwo i jego suwerenność.
5. Faktycznie jednak jest to raczej równouprawnienie, które ma realizować, a nawet wymuszać obowiązek współdziałania państwa z kościołami we wszystkich sprawach mieszczących się w spektrum zainteresowania instytucji religijnych gdyż wszystkie one dotyczą w gruncie rzeczy dobra człowieka i dobra wspólnego.
6. Wprowadzenie dwojakiego poziomu regulacji stosunków państwa z kościołami i związkami wyznaniowymi tj. umowy międzynarodowej zwanej niesłusznie Konkordatem (ust.4) oraz ustawami uchwalonymi na podstawie umów zawieranych przez rząd z przedstawicielami kościołów i związków wyznaniowych (ust.5), a także istnieniem całego szeregu kościołów i związków wyznaniowych rejestrowanych administracyjnie czyli trzeciego poziomu regulacji tworzy wyraźną nierówność pozycji prawnej wyznań. Wobec niechęci władzy ustawodawczej do uchwalania ustaw regulujących stosunek RP do mniejszościowych związków wyznaniowych i korespondującej z tym zaniechaniem rezygnacji Rady Ministrów do negocjowania umów z takimi wyznaniami mamy 164 związki wyznaniowe poza regulacja ustawowa i tylko 15 objętych ustawą, a 1 Konkordatem. Poza regulacja pozostaje np. Kościół Nowo-apostolski czy Chrześcijan Wiary Ewangelicznej, które są ignorowane pomimo wniosków legislacyjnych z ich strony.
7. Pomimo treści art.1 Konstytucji określającego Polskę jako dobro wspólne wszystkich obywateli, a więc tak wierzących jak i nie podzielających wiary w istotę nadprzyrodzoną to nie stanowi on skutecznego zabezpieczenia przed zawłaszczaniem państwa na użytek jednej tylko ze wspólnot religijnych. Podobnie jak nie czyni tego art.32 wprowadzający zakaz dyskryminacji „ z jakichkolwiek przyczyn” w tym światopoglądowych, art. 47 potwierdzający prawo do samookreślenia światopoglądowego człowieka czy art.48 ust 1 nakładający obowiązek uwzględnienia wolności sumienia, wyznania i przekonań dziecka w realizacji prawa do wychowania zgodnie z przekonaniami rodziców.
Wszystko to razem stworzyło dogodne warunki do prowadzenia ideologicznej indoktrynacji, praktykowania różnych form dyskryminacji niekonfesyjnej czy szerzej niekatolickiej części społeczeństwa oraz doprowadziło do takiego stopnia klerykalizacji, który uzasadnia twierdzenie że Polska stala się krajem wyznaniowym.
