Józef Szujski (1835 – 1883) był historykiem, stańczykiem, publicystą, poetą i prozaikiem, współzałożycielem „Przeglądu Polskiego”, sekretarzem generalnym Akademii Umiejętności w Krakowie.
W swoich Dziejach Polski dał szeroki obraz reformacji: „Smutne dzieje, smutne ostateczności obłędu! Gdy jedna połowa chrześcijańskiej owczarni odpadła od wiary, druga opuściła chrystusową drogę miłości, zapomniała słów Zbawiciela: „Nie jest rzeczą religii narzucać religię” zajęła stanowisko obronne, groźne i wniosła do swej fortecy wszystkie średniowieczne pretensje i myśl absolutyzmu, wszystkie namiętności rozkołysanych a zagrożonych ambicji. Sztandar postępu w wiekach średnich, sędzia poważny ludów i ich władców, niezawisły mocarz i prowadzicie chrześcijaństwa – papizm utraca miliony wiernych swoich przez swoją skostniałość i odwlekanie reformy, a gdy je utracił, chwyta się dworów katolickich, służy ich idei absolutystycznej, ich polityce świeckiej; przedstawia naukę katolicką jako jedyny środek utrzymania w ryzach umysłów; pochwala, uświęca gwałtowne środki, podyktowane często namiętnością partii; wysyła swoją milicję, jezuitów, na usłużne narzędzia dworów i staje się sam na końcu ofiarą tej świeckiej, bezbożnej, egoistycznej polityki, która go usuwa na bok, odsądza od jego starożytnych praw i rządzi światem, nie zwracając na jego wskazówki. Z prowadziciela narodów papizm schodzi na archiwariusza dogmatu”. Znaczenie reformacji jest nie do przecenienia.
Otworzyła ona bramy reform w Kościele, dała świeckim możliwość uczestniczenia w nich, zwróciła się przeciwko nadużyciom kleru: „Gdy burza reformacji Polskę ogarnęła, panująca w niej wolność ułatwiała jej i otwierała drogę. Chwytano się jej gorliwie jako opozycję wobec duchowieństwa, jako sposobu pozyskania jednej jeszcze swobody, swobody sumienia. Ruch reformacji niby ferment chemiczny wprowadził w życie wszystkie owe prawa i wolności, wywalczone w wieku piętnastym, a monopolizowane przez możniejszych. On rozbudził masy szlachty”.
W XVI wieku, który znamionował wielkość Rzeczpospolitej, rozważano na poważnie powołanie Kościoła narodowego, a przynajmniej uniezależnienie się od Rzymu. Wysocy rangą duchowni skrycie lub jawnie przyznawali się do odstępstwa wyznaniowego: „W samych naczelnikach Kościoła katolickiego pojawiła się chwiejność w wierze lub obojętność. Drohojewski, biskup kujawski (zm. 1557), znany był jako protektor herezji. Napominał go Rzym, a reformatorowie utrzymują, że umarł wyznawcą nowej wiary. Jakub Uchański, prawnik, niegdyś rządca królowej Bony, referendarz za czasów Zygmunta I, później archidiakon warszawski, dostał w r. 1551 biskupstwo chełmskie od króla i objął je, pomimo że papież nominacji nie potwierdził. Przyjaciel od serca Frycza Modrzewskiego, polityk raczej niż teolog, myślący o wyrwaniu Kościoła polskiego spod wpływu Rzymu, ściągnął on także napomnienie papieskie na siebie. Gdy Drohojewski umarł, dał mu król po nim kujawskie biskupstwo, co nowe, gorsze z Rzymem spowodowało nieporozumienia. Uchański, nie zważając na to, wsparty powagą króla i najpierwszych senatorów, odebrał w zarząd dobra biskupie.
Wyklęty, wyklął papieża! Chcąc zapobiec dalszemu zgorszeniu, Wyjednał Hozjusz [Stanisław Hozjusz (1504 – 1579) kardynał, zagorzały wróg reformacji, brał udział w Soborze Trydenckim, sprowadził jezuitów do Polski] zatwierdzenie papieskie. Dnia 11 stycznia 1562 r. umarł Przerębski. Król dał arcybiskupstwo Uchańskiemu. Na metropolitalnej stolicy zasiadł człowiek, który reprezentował między duchowieństwem polskim ideę narodowego Kościoła. Dodajmy do tego, że jako dobry i gorliwy patriota, miał Uchański ogromną popularność”. Walka z reformacją (kontrreformacja) przynosi tak naprawdę opłakane skutki. Inne kraje niż Polska wychodzą wzmocnione po niej, często wzbogacone kulturowo. W Polsce, początkowo chętnie przyjmującej nową wiarę, nastąpi z czasem rekatolizacja i gwałtowne odejście od „herezji”: „Polska śród tych szamotań samowtór z Hiszpanią doznaje stanowczej katolicyzmu reakcji. Inne narody przechodząc z kwestii religii w kwestię wolności, z wojen religijnych w pewne wytknięte polityczne dążenia, przebyły wskutek reformacji jakąś szkołę, weszły na wyższy poziom rozwoju. Polacy mieli wolność, nim reformacja przyszła, gdy przyszła, wywalczyli i dla niej z łatwością obywatelstwo. Nie przyniosła im więc reformacja dróg nowych. Uznana, upadła, bo nie budziła więcej interesu, bo przywiązanie do starej wiary odżyło. Gdy dynastia Wazów, napojona zarówno katolicyzmem, jak i absolutystycznymi dążeniami, tron polski zasiadła, Polacy odrzucali stanowczo drugie, hołdowali razem z królami pierwszemu. Monarchizm nowej daty był im zarówno wstrętny, jak i nowa polityka. Pozostali, czy byli: obumarli dla ruchu i postępu europejskiego. Stąd to katolickie myśli unii, podbicia Moskwy, walki z Turkami pozostały w głowie szlacheckiej w spokojnym sąsiedztwie z całym szlacheckim kodeksem wolności, na który się papieże i cesarze, a z drugiej strony monarchiści i politycy nowej Europy ze wstrętem i podziwem jak na raroga patrzyli. Stąd Europa nowa, tak racjonalna, jak i katolicka, nie mogła się nigdy porozumieć z tym dziwotworem państwa, które wolnomyślnością swych instytucji wyprzedziło najśmielszych liberalistów, a zaśniedziałością swych średniowiecznych dążeń uchodziło za Chiny europejskie”.
Szujski nie miał żadnych złudzeń – postawa Polaków doprowadziła z czasem do narodowej tragedii. Nasz kraj stał się łakomym kąskiem dla państw zaborczych, które wykorzystały jego słabość. W wiek XVIII wkroczyliśmy jako państwo słabe, rozbite i wewnętrznie podzielone. Zabrakło absolutyzmu oświeconego, bo złota wolność szlachecka na to nie pozwalała. Niemałą rolę w sterowaniu Polską odegrali jezuici: „Potężni już za Stefana Batorego, za Zygmunta III stali się nie tylko najmożniejszym zakonem, ale i ważną polityczną odgrywali rolę. Już sama liczba świeżo powstałych w różnych stronach kraju kolegiów, przy doskonałej centralizacji władzy, czyniła ich wpływ doniosłym; zdolność i gorliwość ich członków, względy króla i możnych, protekcja wyższego duchowieństwa podniosła ich do znaczenia, jakiego żaden zakon ani przed nimi, ani po nich nie posiadał”. Oczywiście, przy każdym kolegium funkcjonowała szkoła, którą sami kierowali. Dzięki wpływowi na ludzką próżność, zamiłowaniu do wystawności i opieraniu się na dumie panów, przyciągali oni młodzież zarówno bogatą, jak i biedną, a dzięki temu powodując odpływ kandydatów do szkół protestanckich, a nawet Akademii Krakowskiej.
Szujski tak to ujął: „Szumnie odprawiane popisy i uroczystości kościelne i szkolne, dramata grane przez uczniów przed publicznością, drukowane wierszydła okolicznościowe, wszystko to czczym blichtrem znęcało i mamiło ludzi i zastępowało głębszą naukę, której jezuici nie lubili. System w ich szkołach przyjęty mordował uczniów długą i powierzchowną nauką lichej łaciny, nienaturalnego stylu i złego smaku w wymowie i poezji, nużył ćwiczeniami duchownymi i subtelnościami teologii, chroniąc ich przede wszystkim od wszelkiej wiedzy szerszej, wszechstronniejszej, która zdaniem nauczycieli mogła tylko zaprowadzić na bezdroża. Dalecy od chęci wyrabiania uczniów swoich na ludzi z samodzielną myślą, z duchem nad stan i wiek podniesionym, jezuici poddanych ich opiece paniczów, kształcili na butnych a uległych wpływowi swemu panów, szlacheckich synków, na pobożną, ale zapalczywie przy swobodach swoich obstającą szlachtę, słowem: wychowanie ich nie starało się o wytrzebienie błędów społecznych, rozwój nowych zasobów narodowych, wychowanie to utrzymywało status quo, który koniecznie upadek za sobą pociągał. Ze szkół jezuickich wychodzili ludzie bez szerszych pojęć obywatelskich, ludzie bez wyrobionego obywatelskiego sumienia, którzy dopełniając codziennie aktów pobożności, zachowując się w granicach pobożności osobistej, nie umieli wznieść się na to wysokie stanowisko, do którego Rzeczpospolita ludzi szlacheckiego stanu powoływała, a wiodąc życie bez jutra, zbyt szybko ujrzeli ojczyznę nad brzegiem przepaści.
Co więcej, jezuici wyrobili w społeczeństwie religijność pozorną, dewocję faryzeuszów, lekkomyślne zaufanie w przebaczanie win publicznych i prywatnych za pomocą hipokryzyjnego nabożeństwa”. Jezuici szybko zmonopolizowali dwory magnackie, a nawet dwór królewski. Jako spowiednicy i kapelani mieli, niestety, znaczne wpływy, co skrzętnie wykorzystywali. Przede wszystkim wykorzeniali oni protestantyzm, czyniąc z katolicyzmu oręż walki, co budowało tylko ich wzrastającą potęgę. Mieli, co prawda, swoich wrogów, lecz potrafili się przed nimi obronić i mimo że w kraju podnosiły się głosy, aby wydalić ich poza granice Rzeczpospolitej, co jednak nigdy nie doszło do skutku. Szujski z goryczą pisał: “Z wszystkimi prawymi miłośnikami ojczyzny dawnych i nowych czasów zgodzić się musimy na to, że zakon pracował dla celów własnych, dla polityki zewnętrznej, że był państwem w państwie, że członkowie jego nie mogli być, chyba wyjątkowo, prawymi obywatelami. Zakon jezuicki władztwo papieskie nad światem, podupadłe zupełnie, chciał ześrodkować w sobie, a nie mogąc działać otwarcie, działał intrygą i fałszem, wślizgał się, aby mącić i zaciemniać. Gościnnie przyjęty w Polsce, czarną odpłacił jej niewdzięcznością: nienawidził jej szlacheckiej wolnomyślności i chętnie służył intrygom obcym, ba! Gotów był nawet dobro Rzeczpospolitej dla błahej nadziei nawrócenia Rosji (…) musimy przecie w jezuitach uznać jedną z przyczyn moralnego upadku, którego skutkiem był upadek polityczny”.