Relacje instytucjonalne pomiędzy kościołami i związkami wyznaniowymi regulowane są w myśl art. 25 Konstytucji RP czterema podstawowymi zasadami z których podstawową zasadą ustrojową zawartą w art.25 ust.3 jest nakaz kształtowania stosunków państwa z instytucjami wyznaniowymi z poszanowaniem ich autonomii oraz wzajemnej niezależności każdego w swoim zakresie oraz współdziałania dla dobra człowieka i dobra wspólnego.
Stosownie do art.25 ust.1 Konstytucji RP wszystkie kościoły i inne związki wyznaniowe maja być równouprawnione, a władze publiczne zobowiązane są w swoich działaniach kierować się zasadą bezstronności światopoglądowej (art. 25 ust.2). W relacjach państwa z instytucjami wyznaniowymi obowiązuje także zasada bilateralności (art.25 ust.3 i 4 Konstytucji RP), co oznacza konsensualne (będące wynikiem zgodnych ustaleń) rozstrzyganie kwestii dotyczących ich działalności.
Prawidłowe rozumienie wyżej wskazanych zasad, a w szczególności zakresu autonomii i niezależności instytucji wyznaniowych nastręcza w praktyce sporo problemów. Z jednej strony prowadzi do nieuprawnionego rozszerzania treści tej zasady na wszelkie sprawy, które znajdą się w sferze aktywności kościołów i związków wyznaniowych jak np. związane z różnymi formami działalności gospodarczej, a z drugiej strony prowadzi do chęci znacznego zawężania jej treści. W efekcie coraz częściej podnoszą się głosy nawołujące do ścisłego sprecyzowania zakresu autonomii i niezależności kościołów i innych związków wyznaniowych, a tak naprawdę przede wszystkim Kościoła katolickiego. Problem nieustannego powoływania się przedstawicieli Kościoła na jego uprawnienia wynikające z zasady autonomii i niezależności w tym na przykład w odniesieniu do odmowy współpracy z państwem chociażby w zakresie ujawniania dokumentów dotyczących przestępstw popełnianych przez jego funkcjonariuszy czy rozwijania działalności gospodarczej prowadzi do nieuprawnionego rozszerzenia sfery funkcjonowania instytucji wyznaniowych według zasad konfesyjnych mających przecież obowiązywać przy spełnianiu funkcji religijnej.
Autonomia instytucji i społeczności odnosi się zarówno do podmiotów o charakterze politycznym jakim są państwa jaki i religijnym. Oznacza ona samodzielność organizacyjną i funkcjonalną neutralnego światopoglądowo państwa demokratycznego, a w odniesieniu do podmiotów religijnych jest konsekwencją swobody wypełniania funkcji religijnych. Autonomia nie jest więc nadawana przez państwo, lecz jedynie przez nie uznawana i potwierdzana. Z zasady autonomii kościołów i innych związków wyznaniowych wynika samodzielność tworzenia nowych jednostek organizacyjnych, ich przekształcania i likwidowania oraz obsadzania stanowisk kościelnych. Przede wszystkim jednak oznacza możliwość tworzenia prawa sobie samemu na swój użytek i dla regulowania swoich spraw, samodzielnego ich rozstrzygania czyli samostanowienie w zakresie swojej funkcji. Autonomia nie oznacza jednak zwolnienia z przestrzegania państwowego porządku prawnego jak i pozwala państwu na ingerencje w wewnętrzny porządek prawny związku wyznaniowego.
Niezależność natomiast jest pojęciem zbieżnym z autonomią w tym sensie, że stanowi najwyższy jej stopień odnosząc się do instytucji i społeczności zewnętrznych podczas gdy autonomia dotyczy relacji w stosunkach wewnętrznych związku wyznaniowego. Niezależność przysługująca „każdemu w swoim zakresie” wyklucza ingerencję jednego podmiotu w sprawy drugiego i oznacza, że państwo jest niezależne w granicach swojej suwerenności terytorialnej natomiast instytucje religijne są suwerenne w sferze duchowej. Takie rozumienie podkreśla odrębny charakter obu instytucji i potwierdza rozdział ich sfer działania . Zakres działalności związków wyznaniowych stanowią sprawy religijne oraz wewnętrzna organizacja instytucji i wspólnot religijnych, czyli ich funkcja religijna, co znajduje podstawę prawna w art.11 ust 1 ustawy z dnia 17.05.1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania. Swoboda wypełniania tej funkcji została skonkretyzowana poprzez przykładowo sformułowany katalog uprawnień zawarty w art.19 ust.2 wyżej wspomnianej ustawy. Obejmuje on zarówno sprawy dogmatyczne, doktrynalne jak i kultowe w tym m.in. treści zasad wiary, sprawowanie kultu religijnego, udzielanie posług religijnych jak i zarząd oraz organizację i funkcjonowanie jednostek wyznaniowych w tym międzynarodowych, tworzenie materialnej bazy do działalności religijnej w tym realizowanie inwestycji sakralnych i kościelnych inwestycji o innym charakterze prowadzonych przez jednostki wyznaniowe, ponadto nabywanie i zbywanie majątku ruchomego i nieruchomości, pobieranie składek, darowizn, spadków wytwarzanie przedmiotów i artykułów do celów kultu religijnego, prowadzenie działalności charytatywno-opiekuńczej i oświatowo wychowawczej, a także propagowanie i nauczanie religii – żeby wymienić jedynie podstawowe. Należałoby poważnie rozważyć czy katalogu uprawnień z art. 19 ust.2 ustawy nie ograniczyć albo wprowadzić zasadę jego enumeratywności t. zamkniętego katalogu uprawnień przy uwzględnieniu również tych jakie znajdują się w konkordacie oraz ustawach partykularnych dotyczących poszczególnych kościołów i związków wyznaniowych. Prawdopodobnie byłoby także rozwiązaniem korzystnym, z punktu widzenia państwa, wprowadzenie wyraźnego przepisu o zakazie pełnienia funkcji publicznych przez organy instytucji wyznaniowych.
Problem z funkcjonowaniem praktycznym dominującego w Polsce w sferze religijnej Kościoła katolickiego jest taki, że nie rzeczywista treść przepisów prawa, lecz wymuszana na państwie praktyka determinuje obraz ekspansywnych zachowań tej instytucji wyznaniowej. Poszczególne decyzje władz publicznych podejmowane nieustająco na rzecz realizacji aspiracji bądź życzeń Kościoła i kleru wynikają przede wszystkim z ich lekceważącego stosunku do obowiązującego prawa, a nie brzmienia poszczególnych przepisów.
Rozszerzanie uprawnień przede wszystkim Kościoła katolickiego np. poprzez wprowadzenie do treści programów szkolnych wątków religijnych w języku polskim czy historii tak jak i obowiązkowego uczestniczenia uczniów w zajęciach z religii lub etyki przekracza już nie tylko sferę autonomii i niezależności Kościoła katolickiego, ale i ustalenia konkordatu co do organizowania konfesjonalizacji szkolnej na życzenie zainteresowanych rodziców i jest wyrazem wyraźnego ulegania przez władze państwowe presji wyznaniowej. Ma ona na celu ugruntowanie narodowo-katolickiej ideologii państwowej skutkującej wychowaniem grona fanatycznych jej zwolenników. Podobnie wygląda sytuacja uprzywilejowanego traktowania przez władze tzw. kościelnych osób prawnych otrzymujących sowite dotacje ze źródeł państwowych, pomijając już fakt kierowania tych przysporzeń do zupełnie prywatnych przedsięwzięć jak np. Fundacja Lux Veritas znanego biznesmena z Torunia. Wszystkie tego typu działania maja na celu zapewnienie panowania ideologicznego w sferze światopoglądowej lub chociażby stworzenia zaplecza społecznego wsparcia narodowo-katolickiej ideologii.
Trwający od lat proces klerykalizacji państwa obejmujący wszystkie nieomal sfery życia i aktywności społeczeństwa musi zostać zahamowany, a skutki przezwyciężone jeżeli Polska ma pozostać krajem aspirującym do cywilizacji zachodnioeuropejskiej. Niestety próba przezwyciężenia negatywnych efektów klerykalizacji i rządów narodowo-katolickiej koalicji nie leży obecnie w częstotliwości zgłaszania propozycji zmian w obowiązującym prawie , ani nawet w otwartym wystąpieniu programowym jakiejś partii politycznej, lecz w pełnej mobilizacji społeczeństwa dla odsunięcia od władzy rządowo-kościelnej koalicji i przeprowadzenia rozliczeń osób odpowiedzialnych za naruszenia prawa, które ujawnią społeczeństwu stosowane mechanizmy zawłaszczania państwa, demontażu systemu demokratycznego i narzucania katolicyzmu jako ideologii państwowej.
